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戰地政務實驗時期，馬祖地區教育行政措施，固遵循中央政府教育宗旨，釐訂辦法、逐步推行，實體上卻充滿軍管色彩。 早期馬祖實無教育行政組織可言。1949年國軍轉戍，成立馬祖行政公署，始創學校，時教育行政歸屬公署二科掌理。1953年改縣制後，教育行政屬縣政府民教科掌理，負責民教、文教二方面業務。1956年馬祖戰地政務委員會成立（以下簡稱「政委會」），設政務組，兼掌中教事宜，但民教仍為民教科教育股掌理。1963年縣府設文教科，置科長、督學各一人，下設國教、社教兩股綜理全縣教育及文化工作。1965年府會合併，政委會政務組專員調縣府視導缺，掌中教業務。1968年，為配合政府延長九年義務教育之措施，於文教科增置中教股及督學一人。至此，文教科轄下三股：中教股、國教股、及社教股，每科總人數共七、八位至十位不等。以此人力掌握全縣教育文化事業，頗有顧此失彼之嘆。 1992年，實施地方自治後，文教科改制為教育局，其組織編制依一般縣市教育局等同運作。 依〈金門馬祖地區戰地政務實驗辦法〉中規定，在組織系統上，馬祖政委會既是馬祖地區的政務最高指揮，在教育政策方面自無例外，縣政府文教科則受其指示，扮演地區教育執行者的角色，明顯區別出主從關係，而政委會一切政策受制於國防部總政戰部，故形成馬祖地區教育行政管理上的雙頭馬車情形。課程、教材部分雖然依遵教育部所頒訂之規定實施，但是教學活動卻得依國防系統的指示施行，為戰地政務實驗時期馬祖教育特殊之處。