依據2019年連江縣政府委託案《連江縣縣定古蹟「芹壁天后宮」修復及再利用調查研究成果報告書》，北竿芹壁天后宮的建築變遷主要可分為下列四個時期，清代時期至1949年軍管時期、1949年軍管時期開始至1979年、1979年至1992年軍管時期結束、軍管時期結束至今。 一、清代時期至1949年軍管時期： 1、封火山牆墀頭原為泥塑花草。 2、天后宮正立面現彩繪紅磚處，原為砌青磚。 3、天后宮及大王宮原為木構架及屋瓦形式。 4、原神龕由紅色木柵欄完全隔離，尚無供桌。 二、1949年軍管時期開始至1979年： 1、天后宮右側新建 1 層樓RC平屋頂芹壁村辦公室。 2、村辦公室、天后宮及大王宮初期作為教室使用。 三、1979年至1992年軍管時期結束時期： 於1982年12月改建 1、天后宮、大王宮增加RC梁柱及屋頂。 2、天后宮神龕基座改為砌磚貼面磚。 3、天后宮兩側牆面粉刷水泥砂漿上白漆，新增彩繪八家將、門神及木雕裝飾。 4、外立面裝飾全部改為彩繪處理。 5、增建後宮。 四、軍管時期結束至今： 1、1996年左右，村辦公室改建為兩層樓RC構造，外牆貼 石片。 2、2001年後，村辦公室撤出，廟方作為「碧蛙館」使用。