馬祖野戰醫院成立於1954年(民國43年)7月21日,當時在南竿牛背嶺南方山麓設馬祖陸軍醫院,搭建十餘棟相連的美製鋁質建築物,是當時連江縣唯一醫院。1964年7月22日由各界捐款的新野戰醫院在原址開工,改建為兩層樓醫院大樓,同年11月完工,佔地500坪,可容納傷患100人,包括病房、護理間、文康室等17間,備沙發、寫字台、報章雜誌,內部設備齊全。1979年7月27日野戰醫院地下化工程展開坑道內部內增闢兩個病房區及醫療、行政、會議、浴廁等設備。坑道外興建兩層門診大樓一棟,包含掛號台、門診間、候診間、輻射房、中山室、手術房兼收容所,另有發電、空調、廚房、太平間各一棟。1982年5月10日醫院搬遷至現址,更名「馬祖醫院」,行政院長孫運璿題字。
在國軍精實案實施後,1997年1月13日將編制縮小改制為國軍821醫院,並開辦健保業務,1998年7月1日又改名國防部軍醫局國軍馬祖醫院,2005年7月1日因應精進案另編成聯勤馬祖野戰醫院,不再受理全民健保業務。2016年12月28日聯勤司令部裁撤後,醫院改隸陸軍馬祖防衛指揮部,並在2017年1月1日更名陸軍馬祖野戰醫院。目前士兵一般感冒也至縣立醫院,不再至軍醫院看診,也宣告了一個時代的轉變。