南竿66據點位於連江縣南竿鄉馬祖村馬祖境天后宮旁，2007年由中國科技大學主持之《96年度連江縣文化景觀普査計畫》調查時，據點外觀呈城垛型。另據2016年由好多樣工作室主持之《紮根與連結 馬祖戰地文化遺產記憶樹計畫》調查研究，過去66據點任務為存放油品的儲藏室，不主攻擊或防禦，後方開鑿的一座坑道是儲油之用。後據點受天后宮廟埕擴建影響，部分拆除，視野格局與往昔已有所不同。

66據點兵力主要負責馬祖港停泊船艦的油品補給任務。國共對峙時期，馬祖港為南竿鄉軍民兩用港口，不論是後勤補給作業，或是台馬兩岸交通往返皆在此轉運，戰略位置重要。軍港兩側從東南到西北的海岸線佈有編號60至69等十處海防據點，海岸突岬的據點編配高砲，負責港外遠程攻擊；靠進澳中的據點設有槍陣地，得以近程射擊搶灘敵軍，再配合港口內的軌條砦及蛇籠反登陸設施，形成多層次的攻擊及防禦雙向軍事佈建。1981年，66據點屬於陸軍馬祖防衛司令部南竿西守備旅步七營，曾在該據點服役的老兵回憶，當年各據點普遍飼有軍犬協助士兵戍衛，卻發生同營77據點的兩位同袍站哨時不小心連人帶狗一起睡著的事件，以「哨兵因睡眠或酒醉怠其職務」被判軍法辱職罪，造成鄰近據點不小的警惕與轟動。

2022年10月《連江縣文化資產資料數位整合建置更新維護與優化計畫》現地調查，基地設施為閒置狀態。