南竿腰山營區位於連江縣南竿鄉清水村中央大道腰山區段，有營舍數棟。1980年代前為陸軍馬祖防衛司令部砲兵第69指揮部野戰砲兵第635營營本部，1990年代營本部搬遷至下腰山，轉為陸軍馬祖防衛司令部南竿東守備旅（第578旅）第六營第三連連本部。釋出後由行政院勞工委員會（今勞動部）多元就業開發方案委託馬祖戰地文化協會經營非營利性質餐廳，營房部份改建餐飲空間，部分整修為藝術創作展區與交流之地。目前建築空間各自獨立分散在幾個場域，處於閒置狀態，但建築結構保存良好。

陸軍馬祖防衛司令部砲兵第69指揮部簡稱69砲指部，代號雷霆部隊，原屬陸軍第69軍（台北軍，軍本部台北秀朗），其砲指部駐紮台北樹林的光華營區，下屬四營一連固定兩年一次換防馬祖與金門，馬祖部分616營與642營輪流駐守北竿、609營與638營輪流駐守莒光（營部金門）、高射砲兵連駐守南竿。1980年後原第32軍野戰砲兵第617營與第612營（駐北竿，主力南竿牛角嶺）、第20軍野戰砲兵第608營與第613營（駐莒光）、野戰砲兵第635營與第643營（駐南竿成功山、馬港）等砲兵連陸續加入69砲指部。1990年代國軍移防改制為僅軍官輪調，加上第69軍於1989年後裁撤，整編為野戰砲兵第617營（駐南竿成功山、官帽山、43據點）、第635營、第636營（駐東莒）、第642營（第三連第一排駐高登）、高射砲兵第680連、第681連、第691連、第689連、第686連。野戰砲兵第635營過去轄有俗稱梅石大砲連（第一連）、馬港四大金剛（1985年後第二連轉第三連）、牛角嶺（1985年後第三連轉第二連）等陣地，負責155榴彈砲、240榴彈砲等大型火砲，鎮守南竿海域。另一方面，南竿島步兵以01據點為界，劃分東、西兩守備旅，負責守衛南竿島安全。

腰山營區屬於第二線核心陣地。馬祖的軍事設施基本上有海岸防衛設施、軍營、地下坑道、崗哨、軍事用途民用設施，空間上可分為「第一線戰鬥陣地」及「第二線核心陣地」。第二線核心陣地分為高地的觀測所，以及通常建立於地形隱蔽位置的營區、砲陣地、戰備區域與訓練基地等；核心據點為各島的總指揮部，通常設置於制高點，並於內部開挖樹狀通道，防禦力高且能掌握最多資訊。

2022年10月《連江縣文化資產資料數位整合建置更新維護與優化計畫》現地調查，基地設施為閒置狀態。