馬祖館，很多鄉親只聞其名不見其實，因為它設在雲台山上的戰地政務委員會，除非特地安排，否則不易參觀，不過台灣前來巡視、訪問的嘉賓，不會放過參觀機會。 馬祖館於民國50年設置，政委會廣場一棟樓房經過整建，內部陳設地方重要魚類標本、農業用具、出版刊物、臨摹名人碑文如東莒「大埔石刻」等，還有鄉村景觀、民眾生活，地方建設和各級長官巡視照片，之後又增加產業設施，邀請專業人士製作漁船模型，拍攝漁村紀錄影片，儼然成為一座小型博物館，贏得各界好評。 那個艱難年代，能夠蒐集如此豐富物品，實屬不易，而建館最大目的，在於表現馬祖特色，讓參訪者特別是中央長官，經由參觀瞭解馬祖、支持馬祖進而援助馬祖。事實上，50年代的馬祖，各項建設正在起步，百廢待舉，特別需要各方支援和幫助，馬祖館扮演重要角色。 馬祖館的空間有限，陳設也很簡單，以今天視野或許微不足道，可是在當時卻是馬祖成長的縮影，意義重大。