馬祖酒廠的前身是中興酒廠，45年成立，初期專門釀造老酒，產量不多，後來引進技術，生產高梁酒，58年改名馬祖酒廠，生產規模不斷擴大，營業額逐年增加。 早期酒廠直屬馬祖政務委員會，所有收入全部報繳主管機關，相對的，產銷方面策略和人事安排也要聽從政委會。當時廠長多數退伍軍官出任，他們不一定專業，只要聽話就能勝任愉快。 當時酒廠生產高梁酒中，以大麴酒品質最好，市場不易購得，軍政長官擁有特權，一通電話如數供應。此外，酒廠不斷研製新產品，如黃龍酒、青春酒、延壽酒等，口碑不錯，可惜無法進一步行銷台灣。50年在北竿設立分廠，以產銷老酒為主，沒有大作為。好在政委會預算經費來自國防部，酒廠利潤並不重要。 戰地政務終止後，酒廠歸屬連江縣政府，產銷步上軌道，業績明顯增加，被視為地方政府「金雞母」主要自主歲收來源。 國內白酒市場競爭激烈，對馬祖酒廠是一大考驗。