戰地政務期間，縣長由國防部派任，均為現職上校，這種官位在馬祖防衛司令部排名，僅能和副參謀長、副主任平行，司令官及政戰主任直接對他下達命令，其他副司令官、參謀長以及各島軍事指揮官也在縣長之上，在眾多軍事長官環伺下，縣長推動縣政顯得礙手礙腳，既尷尬又無奈。 由於縣長權力全由馬防部長官掌握，有些司令官或秘書長修養欠佳，經常給予縣長重話。曾有高姓縣長到政委會求見秘書長，足足等候一個多小時，秘書長只是要把公文看完。林姓縣長率團前往北竿勞軍，北高指揮部中午歡宴，縣長竟然排坐下位，引起當地人士不滿，凡此，都和縣長軍職有關，因為軍中注重官階，上校一定聽從將軍。 再者，戰地政務實施初期，中央政府補助馬祖經費，由國防部編列，再撥交馬祖政委會，然後由政委會以連江縣政府年度預算短缺情形，予以補充，縣長少了權力和經費，如何推動縣政，能夠保全官位就不錯了。 風水輪流轉，戰地政務終止實施地方自治，縣長民選，軍政首長權位也改變了。