民國46年（1957）馬祖中學初中部招收第一屆學生52人，到民國53年為止，一直維持一個年級一個班的人數。 民國54、55年招收兩個班約90名新生。而馬祖四鄉五島每年約有200位國小畢業生；換言之，僅有不到一半的國小畢業生能順利升上初中。直到民國56年，施行九年國民義務教育前一年，增額錄取新生180名，此後馬祖教育進入國中時代，各島學生返鄉就讀國中，升學競爭才得以舒緩。 初創時期第一、二任校長由地區司令官兼任，其後歷任校長皆由政委會委派，教師也多為軍職轉任。因此學校生活教育與日常管理也都有濃厚的軍事訓練色彩。 學生入學每人皆需購置一套童軍配件，包括船形帽、藍白領巾、青白紅三色圍圈、彩飾肩章、綠長襪、藍短褲（女生黑裙）等，遇到校慶、國慶或貴賓來訪，全校統一穿著。 照片是每年一度校慶閱兵大典（10月31日）。此前一個月早晚操練，配合樂隊進行曲，分列式、踢正步、齊一擺頭向右敬禮，反覆演練，且經常挪用早上第一、二節課。 閱兵當天，司令官親臨主持，台上縣長、鄉長、官員、美軍顧問團，校長、教師，冠蓋雲集，都在觀賞沒有槍枝的徒手分列式。 最感輕鬆的是因種種原因未被選上閱兵的同學，他們坐在司令台兩側，與貴賓一起觀賞表演，只是不經意會閃過遺憾與羨慕的眼神。