玄天上帝祖廟源自長樂金鋒，隨梅花人遷居橋仔而移入。玄天上帝廟原在海邊較低處， 整建後才抬高移至現址。主祀神玄天上帝也有真武上帝、玄武帝、真武帝、北極大帝、上帝公、上帝爺等稱號，原是北方七宿之星的崇拜。據《閩雜錄》記載：玄天上帝姓張，是五代泉州人，原為屠夫，殺生無數，因受觀世音菩薩感召，悔恨之餘以屠刀自剖，立地成佛。玄天上帝身著盔甲，手執寶劍，一腳踩龜，一腳踏蛇，狀貌威武；元明以來，咸視其為保佑武運的大神，許多征戰，舉事者皆宣稱得到玄天上帝之庇佑。《佑聖咒》稱玄天上帝是「太陰化生，水位之精。虛危上應，龜蛇合形。周行六合，威懾萬靈」。是以，玄天上帝能治水降火，解除水火之患。明代宮內多建真武廟就是為了祈免水火之災。玄天上帝不僅統率所有水域安全，還是北極星的化身，可指引船隻航行於正確方向，不會迷失海上。 玄天上帝神通廣大，海陸諸事皆能得其神威護祐。村中傳言，1940年代前後，數名日軍曾登陸橋仔澳，在澳仔附近搭帳篷住宿。夏天炎熱，日本兵穿丁字褲與長馬靴，舉止非常怪異，婦人見了驚慌，皆迴避躲在家中。這幾名日軍欲徵求一名年輕男子當僕役，為他們洗衣煮食，料理日常。日軍相中村中名喚鄭忠志的後生仔，強拉到帳篷 附近。鄭忠志掙脫逃走，在村中四處躲藏。日軍全村追趕搜尋，鄭忠志無處可逃，遂潛入玄天上帝廟裡，躲在神龕布簾後面。那時玄天上帝廟尚未擴建，小小一間僅能容下神龕與供桌，廟內動靜一眼即可洞穿。說也奇怪，日軍在神龕裡外、布簾前後，仔細翻查，就是看不到躲在布簾後面，已經嚇得全身發抖的鄭忠志。日軍隱隱知道，此地有神靈保佑，再也不敢踰矩造次，倉促拆除帳篷後倉皇離境。 另有一則傳說，老一輩村人都還記得。1960年代前後，橋仔村一位漁民受雇閩北工作處，捕魚空檔往海峽中線置放海漂物，內容有反共傳單、盥洗日用、食品衣物等心戰物品。某次任務，因船舶過於靠近黃岐被對岸擄獲，其後關入勞改營日夜勞動。從芹壁嫁到橋仔的媳婦見丈夫多日未回，憂心不已，心想此生不知能否見面，便去向玄天上帝擲筊問事；籤文顯示，該漁民仍存活在世，請婦人耐心等待，終有一日相會。果然戰地政務結束後不久，漁民被遣送回馬祖，夫妻相聚恍如隔世，再次應驗玄天上帝神恩浩蕩，護生祐民。 玄天上帝廟曾於1974年，1990年兩次整建。橋仔村前村長陳尚飛先生說，1990整建那年，從台灣請來師傅修葺破損的神明金身，他與師傅小心翼翼將神龕金身移出，可能因為年代過於久遠，神明金身頭部突然鬆脫。這時陳尚飛立即覺得全身一股暖流，從左肩緩緩注入，感覺身體輕盈，神智清晰，好像世事分外洞明，自己能力擴增許多。師傅也說，他一整夜都在與神明對話。神明指示，澳仔大王宮前的雙龍柱，其中之一神龍眼睛已損壞，應立即修復，兩人往大王宮探查，果然如神明所示。 由於玄天上帝有求必應，威名遠播，1970年代，橋仔村人跟其他地區的馬祖人一樣，大舉遷台另謀生活，每家幾乎都要來此擲筊求籤，請示神明是否適合遷居，甚至將玄天上帝的信仰帶至他鄉異地。