清道光年間（西元1840年）間，福建長樂漁民在馬祖北竿橋仔村落腳定居，並將曹朱村「天仙府」的五靈公信仰分祀建廟，坐落在橋仔南面山坑裡，原是一尊青石砌成的小廟，位置在林克彬先生住家的後門位置。 1970年代，清頭溪五靈宮廟整建，以水泥鋼筋為主要建材，元宵擺暝，廟內僅能容納六張供桌，仍然狹隘侷促。2003年，在神明指示之下，將信士捐贈金牌出售，配合社友弟子捐款，擴建廟宇、重塑金身，而成今日規模。清頭溪五靈公該年整建，神龕底座有一木門腐朽卡住，橇開後發現一尊泥塑神像，面貌莊嚴保存良好，應是自天仙府分靈之金身，1970年代整建時封存保護。這尊神像可能是馬祖地區現存最古老的泥塑金身，廟方為保存珍貴文物，現仍安置於神龕底座。清頭溪五靈宮廟源自長樂曹朱「天仙府」，天仙府又分靈自福州倉山區白龍溪白龍庵，一脈相傳，彰化縣的友廟白龍庵，與臺南西來庵，也都有共同的淵源與傳說，由此可體現五靈公信仰在福州地區所在多有。 村人要為亡者「補庫」，焚香燒紙，祭祀亡魂，避免「船號」上得岸來引起另一場瘟疫。每當海上起濃霧，茫茫一片遮蔽島嶼船隻，此時海面若有「船號」蠢蠢欲動，五靈公廟內的這座鐵鐘，不敲自響，會發出嗡嗡的鳴聲，整個村子都能聽見，警示「船號」即將來犯，村人立刻備妥香燭紙錢，焚香祭拜，趨吉避凶，免除一場災難。 2003年五靈公廟再次整建，有次扛乩問事，突然有一自稱「三曹元帥」者上乩，且寫下對五靈公廟的頌詩。後來三曹元帥入祀，頌詩經廟方人員複製後，掛於廟內供後世瞻仰。「順天聖母」神位是從耆老林木水家中移入供奉，「周大人」應是風輪元帥周廣澤，金身是船老大曹百達先生拾獲，將之供奉廟內。 五靈公廟的大門朝向清頭溪，而不是面向大海。村中耆老表示，清頭溪源自壁山，溪水清澈，長年不絕。昔年如遇大旱，北竿七澳諸多水源皆已枯竭，唯獨清頭溪仍湧泉潺潺，各澳口皆來此取水飲用。因其水源豐沛，澳口艋艚捕蝦皮的大網，都要抬到南面山清洗曝曬。由此可見清頭溪哺育滋養無數南面山人，實乃南面山之源頭活水，廟門朝向清頭溪也就不難理解了。