扛乩儀式(請神+問神)通常需事先商定,日子找好、人員齊備下進行,除非臨時性急事。會場裡,還須有儲備的乩將在旁,以進行人力的補充。為求答覆的具體精細,做為行事的依據,常耗費兩、三個小時以上的時間,甚至用了半日才告結束。
請神前,向神上香告知,以火焚黃錢在神輿上方環繞,使其潔淨化,再替神輿奉香火。請神時,乩手扛(抬)著乩轎以轎之右腳,結結實實往案桌「叩」一聲,輦轎仔就在案桌墊板上移動,輪到「桌頭」上場。桌頭問神是否已上轎(「何方神聖」降臨),神轎會以案頭猛敲一下或不作聲響,答覆正確與否。神祇上轎時間不一,快則不到兩、三分鐘,久則半個小時,通常神輿帶著乩將轉動時,神便上轎了。一般神明上身會有武神和文神:武神上身轎身動作較文神動作大,文神溫文儒雅。
在扛乩儀式中,請神祇上轎後,信徒可以請想要祈求的神祇解答,若上轎者並非想求之神,可以請祂離開神輿,直到所祈求的神上轎為止。神明回應時,乩將會抬著神轎以圈打、點、畫等動作示意,桌頭以三、兩語解說神意。其間信徒可透過「桌頭」,臨時要求神明答覆相關問題或指示迷津,有時直接說出所求所願。各神祇均有其專有的叩桌答應之聲,以及慣用示意的形跡。求問當中,桌頭為求慎重,還會問神輿所解讀對或否,一直到信徒疑問解答完畢,相關工作人員請他回神龕,參拜後收好轎桿,安放神輿至地面,才恢復原狀。
北竿民眾問神開示的內容,多為生老病死或中邪等事,也有不少是生活方面的事務,溝通的方式較輕鬆及深入。神輿和資深乩將因有長時間的互動,有時會給予一些突然性的訊息,要他及早因應準備。