福澳港也曾為軍用水上飛機停泊地。1957-1958年間，台灣每週或隔週至少有一班軍方租用的民航水上飛機飛往馬祖，多降落在馬祖港或福澳港內。1957年，台北市發生了劉自然事件，為了美國人的安全，銀天鵝水上飛機首先停飛；1958 年的某一天，藍天鵝突告失蹤，於是馬祖未再出現民航機。

1978年，總統蔣經國先生巡視馬祖，指示於南竿闢建碼頭，以改善海運交通，強化戰備，繁榮民生。國防部決定在福澳建深水、淺水登陸碼頭各一座。1984年冬竣工，並選擇總統蔣公九八誕辰獻禮啟用。先進的碼頭設施，取代過去必須靠小舢舨接駁的窘境，填海造陸下，福澳海埔新生地闢建為縣運動場；而舊村落原木造房屋也在1983年左右改建為鋼筋水泥建築，街道擴大至港口連後方，重心則由白馬尊王廟一方轉移到港口拱門一方。1997 年11 月26 日經行政院核定福澳港為國內商港。

福澳港完工後，往來基隆、北竿、莒光、東引船隻在此靠泊，2001 年實施「小三通」，馬祖–馬尾航線開闢後，福澳港位居馬祖交通要衝地位更加屹立不搖。(摘自2021年由國立臺灣師範大學主持之《馬祖戰地文化景觀保存維護發展策略及推動計畫》)。

負責島際船運的馬祖南竿「福澳碼頭」，後由禾磊建築重新梳理碼頭環境，為「候船室」打開屋頂、以灰色調混泥土建材、通透的玻璃盒結構，帶來新面貌，讓候船的旅客與來此遊玩的人，能從不同的高度，貼近馬祖的山與海，並於2022年2月伴隨馬祖藝術島活動正式啟用。(摘自馬祖日報https://www.matsu-news.gov.tw/2010web/news_detail_101.php?CMD=open&UID=240542)