馬港媽祖廟前方的澳口稱為馬祖澳。在清末英國海軍繪製的地圖中，曾指出馬祖在白犬之北，人煙稠密，聚為村落者凡十二三，可供停泊之善地有二，一是北邊的巴母利澳（福澳港）為最好的避風所，一是島嶼西邊的馬祖路（馬祖港），其地尤牢而善。在福澳港未開闢前此地是馬祖最主要的出入港，既是軍港，也是漁港商港。

馬祖港也曾為軍用水上飛機停泊地。1957-1958年間，台灣每週或隔週，至少有一班軍方租用的民航水上飛機飛往馬祖，多降落在馬祖港或福澳港內，共有一白一藍美軍及軍方的銀天鵝、藍天鵝兩架飛機，不同期地航行於台、馬之間。它們的行動是高度機密，兩地飛行的時間約為一小時，總要到起飛四十分鐘以後，台灣方面才以密語通報馬祖。1957 年，台北市發生了劉自然事件，為了美國人的安全，銀天鵝水上飛機首先停飛。

馬祖澳在國軍進駐後，啟用為南竿島的軍商通用港口，鋪設反登陸軌條砦，並在沙灘上放置拒馬蛇籠等軍事設施，冷戰時期之初還設有美國情報機構，當時可輕易看見藍天鵝水上飛機在此起降，執行任務。1955 年後由海軍指揮部進駐管理，並將現在的海天酒店設為馬祖港指部聯合大樓，負責指揮補給艦進出港運輸作業。

1966 年曾發生反共義士吳文獻投誠事件。吳文獻原為中國人民解放軍福州軍區守備7 師登陸艇戰士，為了投奔自由的口岸，不惜殺害艦長，而後駕駛F131 登陸艇投誠，當時就是自馬祖軍港登陸，喧騰一時。