馬祖境天后宮位於連江縣南竿鄉馬祖村港口，主祀天上聖母，陪祀神則有順天聖母、白馬尊王、五顯神君、威武陳將軍、福德正神、千里眼將軍、順風耳將軍.等諸天神祇。主要祭祀活動為農曆正月十五、十六日的擺暝祭典、農曆三月二十三日媽祖聖誕祭典及農曆九月九日媽祖昇天祭典。據馬祖據鄉賢林金炎在馬祖列島志中所言：「至蔡耕淪為海盜，為紀念媽祖，在南竿興建媽祖廟三所，即馬祖、津沙、鐵板三所天后宮」，蔡耕應是蔡牽，曾於清嘉慶元年至十四年，出沒閩海劫船為寇。馬祖境天后宮始建亦無可考，但已知曾多次重修，有碑文可供考據的有，1943年張逸舟（仙遊人）「重脩馬祖島天后宮記」和1963年彭啟超將軍題名，碑文言：「媽祖生性至孝，以及負父屍漂至本澳口故事。據聞天后宮為重建時是座木結構的廟宇，氣勢宏偉，樓高兩層，登上二樓可瞭望閩江口進出船隻…」廟宇經多次整修面貌全非早年模樣，據鄉老表示馬祖澳的天后宮，自1949年以後，大約每隔20年就要修一次，1963年海軍港口指揮部進駐於此，不慎將廟宇西側廂房燒毀，當時馬防部司令官彭啟超下令重建天后宮。2001年拆除舊廟新建，聘莆仙一帶設計師，依湄州媽祖祖廟型式建造一座宮殿式廟宇。馬祖列島因為馬祖澳的天后宮而得名。「三山志」也記載南竿為「上竿塘」，至明清時代才改為南竿塘。清道光年間鴉片戰爭後，福州開放口岸通商，由於馬祖境天后宮位於閩江口外航運要道，具有航標作用。清光緒二十年，英國海軍海圖官局，將馬港天后宮測繪在南竿的地圖上，那時即稱南竿島為「馬祖」島，這是文獻上最早出現「馬祖」島的地名，可見馬祖地名與天后宮有著密切的關係。自古馬祖島上流傳著許多和媽祖相關的傳說，「媽祖」對馬祖人的意義，不僅是地名上的淵源，更是馬祖人的海上守護神與信仰的中心。