補庫是指燒庫寶、元寶金紙以添補神明的財庫，因為神境有如人境，神明也有應酬，驅邪逐鬼也要花費，所以村民每年春夏之交擇日補庫一次，因早期春夏交際，馬祖天氣溼熱變化大，吹南風帶來傳染疾病，村民認為是南面海上有煞神隨風過境馬祖，而產生補庫儀式。各廟補庫時間不定，由廟方執事人員（做頭人，相當於值年爐主）向神明請示得知，或張貼補庫告示榜文。遇到特殊事故時，偶爾也會臨時補庫。補庫前，輪值做頭者向各家戶收取費用購買庫寶、元寶後，以一定數量的金紙發配各戶摺成元寶狀，當天送至廟裡，村民並依指示準備供品，進行「陸祭」、「海祭」，面朝海口設一香案，請來廟裡神明香爐，由道士焚香誦經後焚燒元寶，祈求神明保佑全境平安。另外，儀式最後道士將供品（齋囝、明頭）灑向四面八方，意為給孤魂野鬼食用。 由於馬祖人沒有七月半的中元普渡儀式，只有各自家庭性的祭祖，因此，補庫在某種程度上取代中元普渡。透過補庫時有集體安撫作用，儀式完畢則各家戶會領經過神明加持的黃符貼在門楣上，象徵保佑平安。補庫隔日，做頭人循例將廟祭的牲口禽肉加以砍剁，再烹調成菜餚，利用午餐或傍晚時間舉行村內的食補庫，菜色及餐後所給予的福袋，大致和元宵擺暝相同。